Мангу можно разделить на две части, между которыми авторы сделали семинедельный перерыв (почти два месяца). Манга стартовала 1 декабря 2003 года в журнале Weekly Shonen Jump, новые главы появлялись каждую неделю, в каждой главе около 20 страниц.

Часть первая (главы 1-59)
Первая часть манги состоит из 59 глав — в них читатель ближе знакомится с главным героем, его принципами, а также с его главным противником. Первая часть в основном посвящена сражению Лайта и L, а также обстоятельствам, предшествующим ему. На сторону Лайта встаёт Миса — влюбившаяся в Лайта девушка, заполучившая вторую Тетрадь Смерти. На сторону же L встаёт ФБР и японская полиция, преследующая те же цели — поймать загадочного убийцу Киру. Лайту приходится противостоять не только L, но и даже собственному отцу, который является главой полиции. Тем не менее Лайт не останавливается ни перед чем, он виртуозно использует Тетрадь Смерти и манипулирует синигами, в результате чего в конце концов одерживает победу — L погибает.

Часть вторая (главы 60-108)
Вторая часть манги появилась после некоторого перерыва, за который авторы манги дали большое количество интервью и рассказали вкратце о том, что же ждёт читателя, хотя так и не ответили на вопрос: «Поймают ли Киру?». Вторая часть вбирает в себя противостояние Лайта и наследников L. Как оказалось, L был не единственным, кто обладал незаурядными умственными способностями. Однако, второго L не существует и не может существовать, он единственный и неповторимый, поэтому у L не один, а два наследника, которые только действуя в паре могут сравниться с L. Однако судьба поворачивается таким образом, что между двумя наследниками L «пробегает серая кошка». Никто из них не хочет делить славу L с другим, и поэтому их пути расходятся. Они оба начинают войну с Кирой, но каждый со своей стороны. Авторы не стали параллельно в каждой главе описывать действия одного и второго. Во второй части можно увидеть разделение — первая половина осталась за Мэлло, вторая за Ниа. Каждый из них хочет поймать Киру, и каждого из них хочет убить Кира.

Путеводитель
«Тетрадь смерти: Как Читать» — официальный путеводитель по всем главам манги. Также его можно считать тринадцатым томом манги, хотя в нём нет никакого нового повествования, а рассказ ведётся об уже свершившихся событиях, дополняя их, объясняя и рассматривая с другой точки зрения. Из путеводителя можно узнать новые интересные факты, в частности, настоящее имя L, которое ни в манге, ни в аниме, не упоминалось (В фильме имя Л можно прочитать в самой тетради смерти, когда в конце второго фильма он показывает ее Лайту). Авторы тем самым развеяли все догадки фанатов, которые очень долго пытались, перечитывая много раз мангу, узнать-таки имя L. Также из «Тетрадь смерти: Как Читать» можно узнать данные о персонажах, даты рождения и смерти, рост и вес, группу крови и что персонаж любит и что не любит. Путеводитель — это только логическое дополнение манги, вышедшее, в большинстве своём, только для фанатов.

Пилотный выпуск
В комплекте с Тринадцатым томом продавался также и пилотный выпуск манги, в единственной главе которого показаны первоначальные задумки авторов (вроде Ластика смерти) не вошедшие в официальные тома манги. Главным героем был не лучший ученик Японии — семнадцатилетний Лайт Ягами, а двенадцатилетний мальчик Таро Кагами, над которым издеваются школьные хулиганы и который мстит им с помощью Тетради смерти. Позже черты характера Кагами перешли к Миками Теру. Также бог смерти Рюк показан в нём глупым и рассеянным, что идёт в разрез с его привычным образом.

Post Series — One Shot
«Post Series — One Shot» — официальное продолжение манги. В единственной главе ведется повествование о возобновлении загадочных преступлений, связанных с Тетрадью смерти. Новый Кира убивает лишь больных стариков, просящих о смерти, за что получает от Ниа прозвище «Дешёвый Кира». В данной ситуации Ниа пытается повести себя как L, в манге раскрывается часть прошлого Мэлло и Ниа в Доме Вамми.